1949年中華民國國軍進駐馬祖各島，設馬祖行政公署，1950年冬改制為福建省政府閩東北行署，1953年，於南竿成立連江縣政府，西犬設長樂縣政府。翌年3月又於東引設羅源縣政府。1955年，將閩東北行署，改制為福建省第一區行政督察專員公署，負責指揮監督所屬連江、長樂、羅源各縣縣政。
後因金門、馬祖地區實施戰地政務，福建省政府應國防部之請，於1965年撤銷第一區行政監察專員公署。馬祖地區政務交由馬祖守備區（後改稱馬祖防衛司令部）戰地政務委員會接管，並將原屬長樂縣轄之東犬（今東莒），西犬（今西莒）島，及羅源縣轄之東引島，劃歸連江縣管轄，並與位於中國大陸部分的連江縣隔海相對。1992年11月7日解除戰地政務，回歸地方自治，民選縣長，成立縣議會。
